Como muchas otras localidades hispanas, podríamos decir que su origen se pierde en la noche de los tiempos, porque se sabe que en época prehistórica fue sede de asentamientos primitivos, especialmente en las orillas del Tajo.
En tiempos romanos, especialmente a partir del siglo II d.C. cuando ya toda la Península está viviendo bajo el Imperio y con la “Pax Romana”, es para Illana el momento de su nacimiento como entidad urbana. Su nombre procede de entonces, “Iuliana” y su estratégica importancia depende del vado del Tajo que aguas debajo de su caserío se encuentra, por el cual atravesaba una calzada romana que venía desde Cuenca por Leganiel. Illana perteneció a la provincia de Citerior, lo que se la denominaba “La Carpentania”. En la Época visigoda, la importancia de la Recópolis en tiempos de los visigodos, aguas arriba de Illana, nos hace pensar en asentamientos de este pueblo por la zona. En la época árabe también fue ocupada Illana, precisamente por la importancia de los vados del río.
En la Edad Media esta área cobra importancia al ser entregada por los reyes castellanos a la Orden Militar de Calatrava que centran aquí sus pequeños lugares fortificados. Alfonso VIII entrega esta área a la Orden de Calatrava. En 1174 el rey dona la aldea de Vállaga a la Orden. En el siglo XVI, Illana pasa a ser señorío real. Como todos los lugares que habían pertenecido a las órdenes militares, nuestro pueblo reconoce la autoridad y la justicia de Rey de España. Los habitantes se dedicaban a la Producción del pan, vino, aceite y ganadería. También en el siglo XVI, nace en la calle Puntío uno de los personajes más ilustres de la localidad, el dominico Fray Melchor de Prego Cano.
La época de la Ilustración, que a Illana no llega si no es en forma de nuevos trabajos, dejó en este pueblo algunos singulares recuerdos. El hecho de que en estas bajas alcarrias anduviera Don Juan de Goyeneche, el emprendedor navarro creando nuevos pueblos y nuevas industrias, supuso para nuestro pueblo la creación de una fuerte industria “tenerías” con tratamiento de curtidos de pieles de cabra, con manufactura de cordobanes, todo ello bajo la dirección de maestros ingleses, lo cual se mantuvo desde mediados del S XVIII hasta finales del XIX. La pobreza, sin embargo, fue la tónica general de la población en esa época, y frente a media docena de ricos hacendados, que tenía la propiedad de casi todo el terreno del término, mientras el resto de sus gentes malvivían de lo que producían algunos secarrales arrendados, o de lo que sus amos les daban trabajar todo el año. La filoxera acabó con la vid, las sequías casi acaban con los trigos, y solo el esparto fue dando de vivir a muchas pobres familias.